Durant le génocide, plusieurs professeurs et chercheurs de cette université ont été tués par leurs camarades qui assumaient pour la plupart des postes politiques importants au sein de l'administration du pays.
Parmi les intellectuels qui sont nommément cités pour leur rôle dans le génocide, il y a notamment Léon Mugesera, historien récemment extradé du Canada vers le Rwanda, poursuivi notamment pour le discours incéndiaire prononcé en 1992 et qui incitait au génocide.
D'autres personnalités de la classe intellectuelle rwandaise cités pour avoir été la cheville ouvrière du génocide, il y a l'ancien président de la République durant le génocide, Théodore Sindukubwabo qui occupait à l'époque les fonctions de médecin et directeur de l'hôpital universitaire de Butare, ville estudiantine située à 130 km de Kigali dans le sud du Rwanda.
Sur la liste des intellectuels rwandais accusés de génocide figure également Ferdinand Nahimana, historien qui fut parmi les fondateurs de la Radio Télévision Libre des Mille Collines (RTLM). Celle-ci était utilisée pour inciter le publique à commettre le génocide, à en croire la même source.
"En tenant compte du rôle de premier plan joué par certains de nos camarades durant le génocide, nous demandons pardons peuple rwandais", a déclaré le porte-parole du corps professoral à l'Université Nationale du Rwanda dont les propos ont été rapportés par le communiqué.
L'Université Nationale du Rwanda fondée en 1963 était la seule institution académique établie au Rwanda avant le génocide de 1994.
