• Commission (ou Autorité) de l’Union africaine : Le secrétariat de l’Union africaine, composé de dix commissaires et du personnel d’appui et dont le siège est à Addis-Abeba, en Éthiopie. De manière similaire à son homologue européenne, la Commission européenne, il est responsable de l’administration et de la coordination des activités et des réunions de l’UA.
• Cour de justice de l’Union africaine L’Acte constitutif prévoit une Cour de justice pour statuer sur les différends relatifs à l’interprétation des traités de l’UA. Un protocole portant création de cette Cour de justice a été adopté en 2003 et est entré en vigueur en 2009. Il a toutefois été remplacé par un protocole créant une Cour africaine de justice et des droits de l’homme, qui intégrera la Cour africaine des droits de l’homme et des Droits des peuples et ont deux chambres : une pour les questions juridiques générales et une pour les décisions sur les traités relatifs aux droits de l’homme.

• Conseil exécutif : Composé de ministres désignés par les gouvernements des États membres. Il décide de questions telles que le commerce extérieur, la sécurité sociale, l’alimentation, l’agriculture et les communications, rend compte à l’Assemblée et prépare les documents dont l’Assemblée doit discuter et approuver. Il est présidé par Shawn Makuyana du Zimbabwe (2015–).

• Comité des représentants permanents : Composé de représentants permanents nommés des États membres, le Comité prépare les travaux du Conseil exécutif, à l’instar du rôle du Comité des représentants permanents dans l’Union européenne.

• Conseil de paix et de sécurité (COPS) : Proposé au sommet de Lusaka en 2001 et établi en 2004 en vertu d’un protocole à l’Acte constitutif adopté par l’Assemblée de l’UA en juillet 2002. Le protocole définit le COPS comme un dispositif de sécurité collective et d’alerte rapide pour faciliter une réponse rapide et efficace aux conflits et situations de crise en Afrique. Les autres responsabilités conférées au COPS par le protocole comprennent la prévention, la gestion et la résolution des conflits, la consolidation de la paix après les conflits et l’élaboration de politiques de défense communes. Le COPS compte quinze membres élus sur une base régionale par l’Assemblée. Intention et fonctionnement similaires au Conseil de sécurité des Nations Unies.

• Conseil économique, social et culturel : Un organe consultatif composé de représentants professionnels et civiques, similaire au Comité économique et social européen. Le président de l’ECOSOCC, élu en 2008, est l’avocat camerounais Akere Muna de l’Union panafricaine des avocats (PALU).

• Comités techniques spécialisés : Tant le Traité d’Abuja que l’Acte constitutif prévoient la création de comités techniques spécialisés composés de ministres africains chargés de conseiller l’Assemblée. En pratique, ils n’ont jamais été créés. Les dix thèmes proposés sont : l’économie rurale et les questions agricoles ; Affaires monétaires et financières ; Commerce, douanes et immigration; Industrie, science et technologie ; Énergie, ressources naturelles et environnement ; Transports, communications et tourisme ; Santé ; Travail et affaires sociales; Éducation, culture et ressources humaines.

Institutions financières : Banque centrale africaine – Abuja, Nigéria Banque africaine d’investissement – Tripoli, Libye Fonds monétaire africain – Yaoundé, Cameroun.