M. Morsi et 14 autres sont accusés d'incitation à la violence et d'avoir ordonné l'assassinat d'opposants devant le palais présidentiel qui a protesté contre une déclaration constitutionnelle controversée décrétée par M. Morsi en novembre 2012. Les affrontements ont ensuite fait au moins huit morts. Les défendeurs ont fait valoir que seuls deux manifestants anti-islamistes ont été tués dans l'incident alors que le reste appartenait aux Frères musulmans, dont M. Morsi est membre.
M. Morsi est apparu en public trois fois depuis son éviction par l'armée qui l'a mis en détention de juillet 2013, suite aux protestations de masse contre son règne d'un an. Il est actuellement détenu à la prison de Borg al-Arab dans la ville balnéaire d'Alexandrie. L'ancien président islamiste doit également faire face à d'autres accusations y compris son évasion de prison, d'espionnage et d'avoir insulté la magistrature.
Depuis l'éviction de M. Morsi, les islamistes ont tenu des manifestations contre l'actuel gouvernement provisoire, surtout après la mi-août 2013, lorsque les forces de sécurité ont dispersé deux grands rassemblements pro-Morsi au Caire et à Gizeh, laissant environ 1.000 morts. La police a également arrêté des milliers de partisans de M. Morsi, y compris de hauts dirigeants des Frères.
