Le général Sisi a remporté environ 95% des voix provenant de près de la moitié des bureaux de vote, a indiqué son équipe de campagne citée par la chaîne officielle Nile Television.
M. Sisi avait déjà reçu plus de 10,5 millions de voix, alors que son seul rival, le gauchiste Hamdeen Sabahy, était à la traîne avec seulement 350.000, selon la chaîne.
La cote de popularité de Sisi a bondi depuis que l'armée a renversé l'ancien président islamiste Mohamed Morsi en juillet dernier dans ce que les partisans islamistes ont qualifié de "coup d'Etat".
La répression des forces de sécurités a entraîné la mort de centaines de manifestants et l'arrestation de milliers d'autres partisans de l'ancien président. M. Morsi lui-même séjourne en prison et fait face à plusieurs chefs d'accusation, parmi lesquels des accusations de meurtre et d'espionnage.
Le juge Tarek Shebl, membre du secrétariat général de la Commission électorale présidentielle, a déclaré aux journalistes que 25 millions des 53,8 millions d'électeurs se sont rendus aux urnes, selon les estimations. Le taux de participation nationale était d'environ 46%, contre près de 52% lors des élections présidentielles de 2012 remportées par Morsi.
Le résultat final serait publié dimanche ou lundi, a-t-il ajouté.
M. Sisi, 59 ans, devait battre M. Sabahy à plate couture aux présidentielles qui ont duré trois jours et se sont achevées mercredi soir. Le dépouillement a commencé peu après la fermeture de 14.000 bureaux de vote à travers le pays.
Les partisans du général Sisi ont commencé a fêter la victoire au Caire. Des centaines de personnes se sont rassemblées sur la place Tahrir, lieu symbolique de la "démocratie" pour le peuple égyptien.
