Moubarak, qui a été transféré au Caire tôt mercredi matin en provenance de Charm-El-Cheikh, la Station balnéaire de la mer Rouge, est apparu devant la barre sur une civière.
Il a suivi son procès en compagnie de ses deux fils qui cachaient leurs visages à l'aide des exemplaires du Coran pour ne pas être filmés, ainsi que de l'ancien ministre de l'Intérieur Habib Adli et de six policiers.
Les suspects sont accusés de mauvaise utilisation de fonds nationaux, d'exportation du gaz à Israël à un prix très bas et d'avoir ordonné l'assassinat de manifestants. Toutefois, Moubarak et ses deux fils ont nié toutes les accusations portées contre eux.
Le procès a débuté aux alentours de 10h00 (0800 GMT) et a été diffusé par la télévision d'Etat.
Les affrontements ont éclaté devant le lieu du procès entre les partisans de Moubarak et les manifestants, venus sur le site du procès à 03h00 (0100 GMT). Ils ont fini par se lancer les pierres.
La police a mis des barrières pour séparer les deux groupes en essayant de calmer la foule, après le début du procès.
Moubarak, 83 ans, a été contraint de démissionner en février après 18 jours de protestation populaire. Un conseil militaire a pris le pouvoir plus tard et a promis de tenir des élections parlementaires et présidentielles.
Les avocats d'El-Adli ont demandé la reconvocation du ministre de l'Intérieur Mansour Essawy pour témoignage dans l'affaire de l'assassinat des manifestants. Ils ont également réclamé la participation de tous les témoins et la vérification des endroits où les manifestants ont été tués.
L'avocat de Moubarak a aussi demandé une permission de photocopier le procès verbal de l'interrogatoire de l'ancien président, ainsi que le témoignage de ceux qui étaient au pouvoir lorsque les manifestations nationales ont éclaté, notamment le chef du Conseil suprême des forces armées Hussein Tantawi.
Il a également invité le panel des juges à examiner sa précédente demande d'une autorisation pour permettre au médecin allemand de M. Moubarak de suivre son état de santé.
Après plusieurs heures de débat, le procès de M. Moubarak et de ses deux fils a été reporté jusqu'au 15 août, a annoncé le juge Ahmed Refaat, ajoutant que M. Moubarak séjournerait dans un hôpital à l'intérieur du complexe de l'Académie de police jusqu'à cette date.
