Le pays n’avait pas la capacité de tester le virus, et ainsi, afin d’empêcher la propagation du virus, le gouvernement a fermé sa frontière avec l’Afrique du Sud. Le 18 mars, le gouvernement a déclaré une urgence nationale malgré l’absence de cas confirmés et a fermé les écoles jusqu’au 17 avril (mais a autorisé la poursuite des repas scolaires). Les voyageurs arrivant devaient être mis en quarantaine pendant 14 jours à leur arrivée. Le Premier ministre Thomas Thabane a annoncé un verrouillage de trois semaines à partir de minuit le 29 mars. Le Lesotho a commencé à envoyer ses échantillons à l’Institut national sud-africain des maladies transmissibles pour analyse. Le Lesotho a commencé à lever certains aspects du verrouillage à partir du 5 mai.