M. Morsi a été accusé pour insulte au pouvoir judiciaire et à son personnel, après qu'il eût accusé, lors d'une interview télévisée, 22 juges d'avoir fraudé durant les élections présidentielles. Il a également été accusé d'ingérence dans la justice et de tentative d'influence du circuit judiciaire pénal au cours du procès de son rival dans les élections présidentielles, Ahmed Chafiq.
Il a également été envoyé devant le tribunal pénal, avec 14 autres membres des Frères musulmans, pour des accusations d'incitation à la violence contre des civils et d'incitation au meurtre d'un journaliste. Néanmoins, la date du procès n'a pas encore été fixée.
