Il y avait une tension croissante entre Riek Machar et le Mouvement d’unité du Soudan du Sud (SSUM) de Paulino Matip, qui s’est engagé à expulser de force des civils de la zone de concession pétrolière du bloc 5A et à aider au déminage d’autres blocs pétroliers. En 1998-1999, les combattants de Matip et les troupes gouvernementales se sont affrontés à plusieurs reprises avec les forces SSDF de Machar dans une lutte pour le contrôle des champs pétroliers de l’État d’Unity. Les combattants de Matip ont forcé Tito Biel, un haut commandant de la SSDF, à évacuer Leer au début de 1999. Tito Biel est ensuite allé à la SPLA. 

L’incapacité de Riek Machar à empêcher le gouvernement de déplacer de force des civils des zones productrices de pétrole de l’État d’Unité a opposé les Nuer à sa direction. Le SSDF de Machar a commencé à recevoir des munitions de la SPLA depuis juin 1999. En 2000, lors d’une réunion des dirigeants à Koch, il a finalement démissionné du gouvernement du Soudan et a créé une nouvelle milice nommée Forces de défense du peuple du Soudan / Front démocratique (SPDF). En danger dans sa propre patrie, le Dok Nuer, Riek a déplacé sa base d’opérations dans la région orientale de Jikany. En janvier 2002, il a signé un accord avec John Garang pour fusionner le SPDF dans le SPLA, et a reçu le commandement du Dok Nuer au sein du SPLA.

La guerre civile a pris fin en janvier 2005. En août, Machar est devenu vice-président du gouvernement du Sud-Soudan et coprésident du SPLM du Comité politique exécutif conjoint. Lorsque le Soudan du Sud est devenu indépendant, en juillet 2011, il a été nommé premier vice-président de la nouvelle république. Le 15 juillet 2011, Machar a représenté le Soudan du Sud lors de la cérémonie lorsque le drapeau de son pays a été hissé devant le siège des Nations Unies à New York.