Selon le gouvernement burundais, les Etats membres acceptent de coopérer en matière de formation militaire, des opérations communes et des visites et échanges d'information.
Le protocole appelle les pays membres à promouvoir la paix et la sécurité et à garder de bonnes relations amicales entre eux en vue de garantir la protection de la vie et du bien-être des peuples de la Communauté de l'Afrique de l'est et de leur milieu environnemental.
Les forces armées des pays membres pourront coopérer en ce qui concerne l'approvisionnement, l'acquisition des pièces de rechange, l'utilisation et la réparation des équipements militaires.
Ce protocole est d'une importance cruciale car, "tous les autres protocoles de nature économique ou culturelle ne seront renforcés qu'après la ratification et la mise en oeuvre de ce protocole car la stabilité et la sécurité viennent en premier lieu ", a expliqué aux députés burundais le général Major Pontien Gaciybwenge.
