La controverse au cours de sa détention a porté sur la question de savoir s’il pouvait être représenté par des avocats étrangers et nationaux et si les avocats de la défense avaient pleinement accès à lui en prison. Le procès de Condé, qui devait initialement débuter en septembre 1999, n’a commencé qu’en avril 2000. Condé, avec 47 co-accusés, a été accusé d’avoir engagé des mercenaires, d’avoir l’intention d’assassiner le président Conté et de perturber la sécurité de l’État. Les avocats de la défense ont commencé par demander au juge de libérer immédiatement leurs clients, puis ont démissionné, affirmant que, dans ces circonstances, ils ne pouvaient pas se défendre correctement. Le procès a donc été retardé à plusieurs reprises, période pendant laquelle Condé a refusé de parler au tribunal, et ses co-accusés ont nié toutes les charges. Le procès s’est finalement poursuivi en août et, à la mi-septembre, Condé a été condamné à cinq ans de prison.

Cependant, Condé a été remis en liberté en mai 2001 après avoir été gracié par le président Conté, à la condition qu’il lui soit interdit de se livrer à des activités politiques. Après sa libération, il a quitté la Guinée pour la France, y retournant en juillet 2005. À son retour, certains rapports indiquaient qu’il avait l’intention d’organiser le RPG pour les élections municipales qui se sont tenues fin 2005, mais ont déclaré plus tard son intention de les boycotter. 

À la suite de la mort de Conté et du coup d’État militaire du 23 décembre 2008, Condé a rencontré Moussa Dadis Camara, président du Conseil national pour la démocratie et le développement (CNDD), le 27 décembre 2008. Après la réunion, Condé a déclaré que les membres de la junte du CNDD étaient des « patriotes ». Plus tard, cependant, il s’est opposé à la junte et a été critiqué par Camara.