Au nombre de ces espèces aujourd'hui en voie de disparition, figurent les autruches, ces grands oiseaux coureurs d'Afrique, dont la taille dépasse 2 mètres et dont le poids peut dépasser des fois 100 kg. En effet, en dépit des efforts du gouvernement et des partenaires au développement visant à les protéger, les autruches qui étaient estimées en 1990 à plus de 3 000 individus dans la réserve, sont aujourd'hui pratiquement inexistantes (moins de 60 individus).
Les activités de la rébellion touarègue de 1991 ont contribué en bonne partie à la destruction de cette faune. Le sanctuaire des addax, une enclave de 1 285 000 hectares, située au centre de la réserve, servait d'habita à la population d'autruches. Les autorités nationales ont déclaré cette zone interdite à toutes activités humaines en vue de faciliter la reconstitution de la faune sauvage et la protection des sites archéologiques menacés de pillage. Ces sites de la réserve de l'Aïr Ténéré et beaucoup d'autres (le site des dinosaures de Gadafawa, le désert du Tal…), ont beaucoup contribué à la renommée d'Agadez, considérée comme la région phare du tourisme nigérien.
