La mutilation génitale et l'excision se trouvent essentiellement circonscrite à quelques communautés dans les régions septentrionales du pays, selon l'enquête.
Ces opérations sont généralement effectuées sur les filles entre 4 et 14 ans, mais peut être également pratiquée sur de plus jeunes enfants, sur des femmes sur le point de se marier et parfois sur des femmes enceintes ou qui viennent de donner naissance à leur premier enfant. Elle est souvent pratiquée par des praticiens traditionnels, sans anesthésie, en utilisant des ciseaux, des lames de rasoir ou des éclats de verre.
Selon l'enquête, l'excision des petites filles est une pratique qui tend à disparaître au Togo : ainsi seulement 0,4 % des femmes ont déclaré qu'au moins une de leurs filles vivantes âgées de 0 à 14 ans avait subi une forme de mutilation génitale féminine.
Au Togo, cette pratique a été interdite par la loi N°98-016 du 17 novembre 1998 qui stipule en son article premier que toutes les formes de mutilations féminines (MGF) pratiquées par toute personne, quelle que soit sa qualité, sont interdites.
