Lors du lancement de la semaine "Portes ouvertes" au ministère burundais ayant en charge l'environnement, le chef de cabinet du deuxième vice-président burundais Pierre Mupira a déploré que les usines situées tout au long de ce lac laissent passer sans aucun traitement les déchets solides et les eaux usées nocifs.
Malgré son importance socio-économique, le lac Tanganyika est aussi menacé par les constructions anarchiques illégales qui s' étendent même à moins d'un mètre de la surface des eaux du lac, considéré comme un grand réservoir d'eau douce, a-t-il déploré.