Un jour après la mort de son père, l’Assemblée nationale a reçu des instructions claires de licencier Natchaba et d’élire Gnassingbé à sa place, ce qui légaliserait sa succession, qui a eu lieu le 6 février 2005. L’élection de Gnassingbé a été approuvée à l’unanimité par les députés (98% d’entre eux étaient membres du parti au pouvoir) qui étaient alors présents à l’Assemblée nationale ; l’opposition n’était pas représentée à l’Assemblée nationale en raison de son boycott des élections législatives de 2002. Les membres du parti de Gnassingbé ne voulaient pas contester le choix de l’armée. Le parlement a également supprimé une exigence constitutionnelle selon laquelle les élections doivent avoir lieu dans les 60 jours suivant la mort du président, permettant au jeune Gnassingbé de gouverner jusqu’à l’expiration du mandat de son père en 2008.

Sous la pression d’autres personnes dans la région, et en particulier du Nigéria, plus tard en février 2005, Gnassingbé a annoncé que de nouvelles élections auraient lieu dans les 60 jours, mais a déclaré qu’il resterait en fonction dans l’intervalle. Cependant, le 21 février, l’Assemblée nationale a annulé certains des changements constitutionnels qu’elle avait apportés afin de permettre à Gnassingbé de prendre le pouvoir, sans toutefois lui demander de démissionner. Cela a été interprété comme un moyen de faire pression sur lui pour qu’il se retire dignement. Changer la constitution pendant une période de transition était en soi un acte inconstitutionnel, mais cela n’a pas dissuadé les alliés de Gnassingbé.

Le 25 février, Gnassingbé a été nommé par les délégués du parti au pouvoir, le Rassemblement du peuple togolais, comme candidat à la présidence du parti. Il a également été choisi comme chef du parti. Peu de temps après, il a annoncé qu’il quitterait ses fonctions de président pendant la période intérimaire. Bonfoh Abass a été nommé par l’Assemblée nationale pour le remplacer jusqu’aux élections du 24 avril 2005. Bonfoh était considéré par certains comme une marionnette de l’élite militaire et de la famille Gnassingbé. Gnassingbé était en concurrence avec le principal candidat de l’opposition, Emmanuel Bob-Akitani, un ingénieur à la retraite de la société minière publique et la deuxième personne la plus importante de la coalition d’opposition après Gilchrist Olympio. Olympio n’a pas pu participer aux élections, car la constitution exigeait que tout candidat ait vécu au moins 12 mois au Togo, et Olympio s’était exilé de lui-même par crainte d’être assassiné par le clan Eyadema comme son père .