Cet accord contient une clause en rapport avec l'exonération accordée par les deux pays aux produits de la pêche, de l’agriculture, de l'élevage et de l'environnement. Le SYGECO met en cause cette clause qui exonère les produits ne dépassant pas la valeur de 500 dollars, indiquant que ce sont les produits burundais qui vont franchir la frontière vers le Rwanda beaucoup plus que ceux du Rwanda où, a dit le SYGECO, "il y a une stricte protection de l'environnement par rapport au Rwanda". "Nous avons constaté qu'au Rwanda, il n'y a pas de charbons qui viennent au Burundi, que c'est plutôt nos produits qui vont au Rwanda. Mais si en ce qui concerne le charbon on respecte la loi en matière de coupe d'arbres, l'accord conclu entre les deux parties pourra ne pas causer de problème. Sauf si on fait fi de la loi et qu'on exploite anarchiquement la coupe des boisements", a indiqué à Xinhua le ministre de l'Eau, de l'Environnement, de l’Aménagement du territoire et de l'Urbanisme Jean Marie Nibirantije.
Il a exprimé son soutien à une coopération entre l'OBR et le RRA, mais ajoutant qu'"il faudra étudier ensemble comment protéger les produits burundais ".
Parmi les produits de l'environnement qui sont sur la liste et qui sont défendus par le SYGECO figurent le charbon, le bois à scier, les briques et même le sable.
Parmi ce qu'exige la loi figure l'autorisation préalable de la coupe des bois tant du domaine public que du privé, une autorisation accordée par une autorité compétente après avoir constaté que la partie demanderesse a une pépinière de renouvellement des boisements. Ce qui se fait déjà chez certains, selon le ministre Jean Marie Nibirantije : "Nous nous réjouissons aujourd'hui qu'il y a des gens qui demandent la coupe tout en montrant une pépinière de renouvellement des boisements".
